Дълга и разнообразна е историята на Созопол. Много „исторически бури" са преминали над него. Много народи са познали стените му и са оставили следите си, заринати в дълбоките пясъци на неговия некропол. Раждането му се крие далеч в миналото, забулено от годините на цели исторически епохи и заплетено в най-древните легенди за античните гръцки герои, тръгнали по черноморските брегове да търсят Златното руно.
В тези далечни времена в горите на Странджа живеели тракийските племена. Далеч на юг зад три морета, по островите и бреговете на Егейско море проблясвали първите искри на елинската култура. Било минало героичното време на Илиада. Стените на Троя отдавна били сринати и гърците владеели малоазиатския бряг и островите пред него. Смели моряци поглеждали вече на север към Понтос Аксейнос — негостоприемното Черно море. Дошло времето на аргонавтите. Гърците достигали вече черноморските брегове. Начело стояли йонийските гърци. Една след друга никнели техните емпории — временни пазарища, където разменяли гръцко вино, зехтин и художествени съдове срещу тракийско жито, кожи и восък. Градовете на древна Елада станали тесни за увеличеното им население.
Започнала колонизацията на левопонтийския бряг, както тогава наричали нашето крайбрежие. Най-голяма активност в нея проявил йонииският град Милет — един от големите и богати градове на малоазиатския бряг. Милетчани основали първо своята колония Истрия под ръкавите на р. Дунав през 657-656 г. пр. и. е. Втората тяхна колония била Аполония Понтийска — днешният Созопол. След това възникнали още много градове — Круни-Диописопол (Балчик), Бизоне (Каварна), Одесос (Варна), Томи (Кюстенджа). Основали свои колонии и дорийските гърци — Калатне (Мангали), Месемврия (Несебър). Постепенно бреговете на Черно море се включили в културния елински свят и страшното някога Понтос Аксенос променило името си на Понтос Евксинос - гостоприемно море.
На полуострова, между трите острова, милетските колонисти открили сигурно пристанище за корабите си. Те намерили и защита срещу несигурното приятелство на тракийското население от полуострова срещу сегашния о. Св. Кирик и тук основали своя град. В чест на Аполон — най-почитания бог в метрополията Милет, те нарекли новото си отечество Аполония Понтийска. Аполон станал и защитник покровител на новия град.
Различни са сведенията за годината на неговото основаване. Някои поддържат твърдението, че той бил заселен 50 години преди Христа (609 г. нр. н. е.), други сочат годината 610 пр. н. е.
Има известно противоречие и в сведенията относно състава на колониите. Почти всички автори посочват, че Аполония е създадена от милетчани. Някои обаче поддържат становището, че в преселването са участвували и гърци от о. Родос. За участието и на чужди колонисти, които били причина за вътрешни междуособици, говори и Аристотел в своята „Политика". Безспорно е, че основната част от населението на Аполония е дошла от гр. Милет и цялата култура и общественият облик на колонията са били под пълното влияние на гр. Милет.
Благодарение на доброто си местоположение - южния вход на най-дълбокия залив на западно-понтийския бряг (днешния Бургаски залив) и същевременно изходния пункт на сухопътния търговски път между Черно и Егейско море, започващ от залива и стигащ до устието на Хеброс (Марица), Аполония бързо се развивала като богат търговски град. Аполонийските търговци и мореплаватели внасяли в градовете на Елада тракийско жито, пчелен мед и восък, кожи, добитък, солена риба и „много роби, безспорно превъзходни" (Херодот), а доставяли на тракийската племенна аристокрация гръцко вино. маслинено масло, тъкани и произведения на изкуствата.
Първоначално търговските връзки на Аполония били изключително с нейната метрополия — Милет. Но когато метрополията, заедно с останалите малоазиатски градове, попаднала под господството на персите, тези връзки намалели. Възползуваща се от упадъка на поробения Милет, Атина бързо придобила господствуващо икономическо и търговско влияние върху западнопонтийските градове. Аполония засилила търговията и политическите си връзки с нея. Градът влязъл в създадения от Атина морски съюз. Във връзка с този съюз редица западнопонтийски градове, между които и Аполония, били посетени от Перикъл. Търговията на града не се ограничавала само с Атина. Тя обхвала и други градове от елинския свят. Градът търгувал и с много от колониите по бреговете на Черно море. Той поддържал с тези градове и политически връзки. С много от тях Аполония била в съюзни отношения, а с други — във враждебни. От каменен надпис, намерен при разкопките на древната Истрия, научаваме за воина, станала между Аполония и нейната северна съседка Месембрия (Несебър).